Trưởng đoàn thanh tra là ông Lương Duy Hanh, Cục trưởng Cục Kiểm soát hoạt động bảo vệ môi trường, Phó trưởng đoàn là bà Nguyễn Hoàng Ánh, Phó Cục trưởng Cục Kiểm soát ô nhiễm.
Thành viên đoàn gồm đại diện lãnh đạo Văn phòng, Cục Kiểm soát hoạt động bảo vệ môi trường, Cục Kiểm soát ô nhiễm, ngoài ra còn có đại diện các cơ quan liên quan của hai tỉnh Hòa Bình, Thanh Hóa và một số viện nghiên cứu sẽ tham gia lấy mẫu, phân tích mẫu môi trường, quan trắc môi trường nước sông Bưởi, sông Bạng và đánh giá thiệt hại về môi trường.
Đoàn sẽ tiến hành thanh tra với các cơ sở gồm Công ty Cổ phần mía đường Hòa Bình (đơn vị đã nhận trách nhiệm xả thải chưa qua xử lý gây ra hiện tượng cá chết hàng loạt trên sông Bưởi thời gian qua), Công ty TNHH Tân Hiếu Hưng (Nhà máy chế biến tinh bột sắn Hòa Bình) và Trang trại chăn nuôi gia công heo của bà Bùi Thị Bình (nay là ông Nguyễn Ngọc Sáng).
