Sau đó, cá chết tiếp tục tại Quảng Bình ngày 10/4/2016, Thừa Thiên-Huế ngày 15/4/2016, Quảng Trị ngày 16/4/2016, với số lượng và tần suất theo thời gian tại từng tỉnh khác nhau và kéo dài đến 4/5/2016. Nghi vấn được dư luận tập trung vào một ống xả thải khổng lồ dưới biển của dự án Khu liên hợp gang thép và cảng Sơn Dương Formosa.
* Ngày 19/4, Bộ NN-PTNT, Bộ Tài nguyên và Môi trường (TN-MT), Bộ Công thương lần lượt tổ chức các đoàn kiểm tra tại các địa phương có cá chết. Ngày 23/4, Bộ NN-PTNT phối hợp với Bộ TN-MT họp với bốn tỉnh Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị và Thừa Thiên - Huế để khắc phục hiện tượng thủy, hải sản chết bất thường ven bờ biển tại các tỉnh này. Tại cuộc họp, Bộ NN-PTNT loại bỏ nguyên nhân cá chết do dịch bệnh và do môi trường nước. Nghi vấn có độc tố trong nước được đặt ra tại cuộc họp này.
* Ngày 27/4, Bộ TN-MT chủ trì phối hợp với Bộ NN-PTNT, các bộ, ngành có liên quan, các cơ quan khoa học trong và ngoài nước để thảo luận về kết quả điều tra. Tại cuộc thảo luận đã khẳng định chưa có bằng chứng kết luận về mối quan hệ liên quan của Formosa và các nhà máy về hiện tượng cá chết hàng loạt.
* Ngày 2/5, Bộ trưởng TN-MT Trần Hồng Hà ký quyết định lập đoàn kiểm tra liên ngành về bảo vệ môi trường với các đơn vị đang hoạt động tại Khu Kinh tế Vũng Áng. Thành phần đoàn kiểm tra gồm 6 bộ, 2 viện, 2 trường và 4 tỉnh. Sáng 2/5 các nhà khoa học đến từ các quốc gia Đức, Mỹ, Israel cũng đến Việt Nam tìm nguyên nhân cá chết theo lời mời của Bộ TN-MT.
* Ngày 4/5, gần 100 chuyên gia từ hơn 30 viện nghiên cứu, trường đại học trong nước tham gia vào quá trình phân tích nguyên nhân của hiện tượng hải sản chết bất thường tại 4 tỉnh miền Trung.
* Ngày 2/6, tại buổi họp báo thường kỳ của Văn phòng Chính phủ (VPCP) Bộ trưởng, Chủ nhiệm VPCP Mai Tiến Dũng cho biết, bước đầu đã xác định được nguyên nhân gây ra vụ cá chết hàng loạt ở miền Trung trong thời gian qua, song vẫn còn phải chờ các nhà khoa học phản biện để xác định được nguyên nhân chính xác nhất.
* Ngày 30/6, tại họp báo Chính phủ, nguyên nhân cá chết được công bố là do một lượng lớn phenol, xyanua kết hợp với phức sắt dạng keo gây ra sự cố cá chết. Thủ phạm gây ra sự cố là Công ty TNHH Gang thép Hưng nghiệp Formosa. Cũng tại họp báo công bố video Formosa xin lỗi nhân dân Việt Nam và hứa bồi thường thiệt hại 500 triệu USD.
