Tại nhiều nơi bị cô lập trong khi bị lũ lụt, điều kiện vệ sinh không đảm bảo, thiếu nước sạch, trong khi đó mầm bệnh từ các vùng nước ngập đọng, từ xác súc vật chết bị thối rữa tiếp tục lây lan nên có nguy cơ làm bùng phát dịch bệnh.
Nhiều bệnh dễ lây lan bao gồm các bệnh qua đường tiêu hóa, bệnh nấm da nấm móng, đau mắt đỏ...có thể phát triển mạnh. Ngập lụt cũng tạo môi trường thuận lợi cho các loài muỗi phát triển, gây lan truyền sốt rét, sốt xuất huyết trong cộng đồng. Bên cạnh đó, khi xảy ra mưa bão, lũ lụt thì các bệnh lây truyền qua đường nước rất dễ bùng phát, bao gồm các bệnh nguy hiểm như như tả, lị... Ngoài ra, tiêu chảy do rota virus, tiêu chảy do E. coli, giun sán... cũng lan truyền nhanh hơn.
Các dịch bệnh dễ phát triển do ô nhiễm nguồn nước từ rác thải, đặc biệt là phân hữu cơ. Hơn nữa, trong điều kiện ngập lụt việc ăn uống không được đảm bảo an toàn nên dễ lây lan các bệnh qua đường tiêu hóa.
